Oltre una ventina sono gli orti botanici italiani, chi più conosciuto chi meno.
Tra i più antichi si cita quello di Padova, nato nel 1545 per volere di Francesco Bonafede per permettere ai suoi allievi un facile riconoscimento delle piante: qui arrivò dall'Inghilterra la patata che in Italia venne coltivata in qualità di pianta ornamentale per la prima volta nel nostro paese.
Quello di Padova è il più antico giardino botanico universitario in tutto il mondo.
Il giardino botanico di Pisa è nato quasi in simultanea con il precedente grazie al sostegno di Cosimo I de' Medici: un tempo collocato presso il Convento di San Vito, fu poi trasferito nelle vicinanze del convento di Santa Maria e in seguito, in maniera definitiva, nei dintorni di Piazza dei Miracoli.
Ampia importanza hanno assunto altri giardini botanici come quello di Palermo, dotato di grande bellezza (e ciò può essere detto solo per alcuni orti botanici di Italia e d'Europa); viene ricordato per aver introdotto nella regione di appartenenza il nespolo giapponese e il mandarino originario della Cina.
Seguono per importanza quello di Salerno (il Giardino della Minerva), collocato nel centro storico della città; in seguito al restauro attuato poco tempo fa, è possibile riscoprire elementi risalenti al diciassettesimo e diciottesimo secolo e venire alla scoperta di piante davvero rare utilizzate in epoca medioevale per medicare.
Ricordiamo anche l'Orto Botanico di Napoli, Cagliari, Messina, Parma, Roma, Trieste, Torino e Livorno.